Der erste Beleg über die Existenz des Ortes stammt aus dem Jahr 1471. 1690 erhielt die Hindelanger Filialkapelle in Unterjoch die Messerlaubnis, 1726 wurde eine Manualkaplanei eingerichtet und seit 1868 besitzt der Ort eine eigenständige Pfarrei. Nachdem der Salzverkehr über den Pass 1823 endgültig zum Erliegen gekommen war, fand kein ausgedehnter Kontakt zwischen Unterjoch und anderen Ortschaften mehr statt. Dies änderte sich durch den Bau der neuen Jochstraße 1895 bis 1900, durch den auch der Fremdenverkehr belebt wurde.Die Nähe der Grenze zu Österreich führte schließlich auch dazu, dass der Zollamtssitz von Ober- nach Unterjoch verlegt wurde.
Die Gemeinde Unterjoch wurde am 4. Januar 1867 aus Gebietsteilen der Gemeinde Hindelang neu gebildet und am 1. April 1972 wieder eingegliedert.
Zum Schuljahresende am 29. Juli 2014 wurde die Zwergschule in Unterjoch geschlossen; ab dem folgenden Schuljahr besuchen die Erst- bis Viertklässler die Zwergschule im österreichischen Jungholz. Das Schulgebäude beherbergt aber nach wie vor den örtlichen Kindergarten.
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